En février 2012, le producteur Kurusawa Naoya lance des auditions afin de former un nouveau groupe d'idols nommé Flap Girls’ School.

Le 15 avril 2012, au terme des auditions, 5 filles sont retenues dont Aoyama Reina, l'actuelle leader du groupe, ainsi que dix filles en tant que stagiaires.

Le groupe a pour principal concept d'autoriser les fans à assister à ses leçons. Elles sont ouvertes au public 2 à 3 fois par semaine.

En avril 2013, le groupe sort à l'occasion de son premier anniversaire un CD limité à 500 exemplaires contenant l'hymne officiel du groupe, « Flap Girls’ School no theme ».

Le premier single officiel du groupe est sorti le 21 janvier 2014 et se nomme « Tsubomi » (つぼみ).

Fin avril 2018 le groue est dissout, mais renait en septembre 2020 avec 4 anciens membres.